A Liga Laranja chamou e Ash respondeu, vencendo todos lideres de ginásio e seu maior líder, Drake. Ao retornar para a cidade de Pallet, Ash e Misty se reúnem com Brock e partem para a próxima etapa de sua jornada Pokémon – a região de Johto! Embora ele ainda tenha um recado para o Professor Carvalho, Ash pula com ambos os pés na Liga Johto, encarando vários lideres de ginásio e adicionando Pokémon como Totodile e Chikorita para sua equipe.
Temporada 3 de Pokémon, com 41 episódios, estreou em 14/10/1999.
T3 E1Com o Totodile não se brinca! 14/10/1999
T3 E2Um desempate com encrencas em dobro! 21/10/1999
T3 E3Uma história melosa! 28/10/1999
T3 E4Pokémon na trilha das pedras! 04/11/1999
T3 E5Confusão de ilusões! 11/11/1999
T3 E6O poder floral! 18/11/1999
T3 E7O caso do Aracnídeo Negro! 25/11/1999
T3 E8Esnobando os esnobes! 02/12/1999
T3 E9O pequeno grande chifre! 09/12/1999
T3 E10O resgate de Chikorita! 16/12/1999
T3 E11Era uma vez um luar azul! 23/12/1999
T3 E12O apito de parada! 01/01/2000
T3 E13A ignorância é uma Blissey! 06/01/2000
T3 E14Pequenos brotos, grandes encrencas! 13/01/2000
T3 E15Ash ganha a Insígnia Zephyr! 20/01/2000
T3 E16Essa é pra chorar! 27/01/2000
T3 E17Um tanque fora de controle! 03/02/2000
T3 E18O desejo ardente de Charizard! 10/02/2000
T3 E19Sorrir pra vencer! 17/02/2000
T3 E20Chikorita, a temperamental! 24/02/2000
T3 E21Não há tempo ruim! 02/03/2000
T3 E22O segredo do super-herói! 09/03/2000
T3 E23Mansos e fofinhos! 16/03/2000
T3 E24Mania de batalha! 23/03/2000
T3 E25A temporada de caça! 30/03/2000
T3 E26A ameaça de uma seca 06/04/2000
T3 E27Colhendo pokébolas! 13/04/2000
T3 E28Exterminando insetos! 20/04/2000
T3 E29Uma história exagerada! 27/04/2000
T3 E30Os truques do negócio! 04/05/2000
T3 E31Os soldados do fogo! 11/05/2000
T3 E32As Aparências enganam! 18/05/2000
T3 E33Males que vêm pra bem! 25/05/2000
T3 E34A hora do Houndour! 01/06/2000
T3 E35Duelando pelo Totodile! 08/06/2000
T3 E36Batalhas quentes! 15/06/2000
T3 E37Amor ao estilo Totodile! 22/06/2000
T3 E38Cérebro de ave! 29/06/2000
T3 E39Trabalhando em equipe! 06/07/2000
T3 E40Os amigos psíquicos! 13/07/2000
T3 E41Escrito nas estrelas! 27/07/2000