A terceira temporada começa exatamente onde o final da temporada anterior terminou, com a tripulação da Galactica descobrindo um planeta habitável. Mas as coisas se complicam ainda mais quando os Cylons, liderados por Caprica Seis e Sharon, encontram o planeta e fazem uma proposta de paz surpreendente para a humanidade.
Temporada 3 de Battlestar Galactica, com 20 episódios, estreou em 06/10/2006.
T3 E1Ocupação 06/10/2006
T3 E2Precipicio 06/10/2006
T3 E3Exodus 13/10/2006
T3 E4Exodus, parte 2 20/10/2006
T3 E5Colaboradores 27/10/2006
T3 E6Despedaçado 03/11/2006
T3 E7A Medida da Salvação 10/11/2006
T3 E8Heroi 17/11/2006
T3 E9Negócios Inacabados 01/12/2006
T3 E10A Passagem 08/12/2006
T3 E11O Olho de Júpiter 15/12/2006
T3 E12Arrebatamento 21/01/2007
T3 E13Fazendo uma Pausa das Obrigações 28/01/2007
T3 E14A Mulher Rei 11/02/2007
T3 E15Um Dia na Vida 18/02/2007
T3 E16Mãos Sujas 25/02/2007
T3 E17Turbilhão 04/03/2007
T3 E18O Filho Ressurge 11/03/2007
T3 E19Encruzilhada 18/03/2007
T3 E20Encruzilhada, parte 2 25/03/2007