A jornada de Kenshin para impedir que o vilão Makoto Shishio e seu grupo, as Dez Espadas, derrubem o governo Meiji. A temporada acompanha Kenshin em sua viagem a Kyoto e seu treinamento com o mestre Hiko Seijuro, além do aprimoramento de novas habilidades por parte de seus amigos, como Sanosuke. A história culmina em uma batalha final decisiva entre Kenshin e Shishio.
Temporada 2 de Samurai X, com 35 episódios, estreou em 30/10/1996.
T2 E1O Retorno do Lobo 30/10/1996
T2 E2O Inimigo Mais Poderoso 06/11/1996
T2 E3A Vingança do Vilão 13/11/1996
T2 E4A Despedida de Kenshin 27/11/1996
T2 E5A Vida Sem Kenshin 04/12/1996
T2 E6À Procura de Kenshin 11/12/1996
T2 E7Uma Garota Valente 08/01/1997
T2 E8A Cidade Roubada 15/01/1997
T2 E9O Encontro de Shishio e Kenshin 22/01/1997
T2 E10Sojiro Versus Kenshin 29/01/1997
T2 E11O Treinamento de Sanosuke 05/02/1997
T2 E12A Espada Mais Poderosa 12/02/1997
T2 E13A Luta Fatal 19/02/1997
T2 E14O Encontro com o Mestre 26/02/1997
T2 E15A Traição de Aoshi 05/03/1997
T2 E16Entre a Vida e a Morte 12/03/1997
T2 E17A Gangue Mais Poderosa 19/03/1997
T2 E18A Fuga de Shishio 16/04/1997
T2 E19O Navio de Aço 23/04/1997
T2 E20O Encontro da Gangue 30/04/1997
T2 E21O Passado de Anji 14/05/1997
T2 E22Os Olhos do Coração 28/05/1997
T2 E23Hora de Honrar a Promessa 04/06/1997
T2 E24O Duelo Continua 11/06/1997
T2 E25O Ataque à Aoiya 18/06/1997
T2 E26O Gigante Versus o Super-Homem 25/06/1997
T2 E27O Paraíso Contra a Terra 02/07/1997
T2 E28O Passado de Sojiro 09/07/1997
T2 E29A Última Batalha de Sojiro 16/07/1997
T2 E30A Batalha Final 06/08/1997
T2 E31A Batalha Continua 13/08/1997
T2 E32A Luta Continua 20/08/1997
T2 E33Uma Luta Sem Vencedor 03/09/1997
T2 E34O Destino do Grupo Juppongatana 10/09/1997
T2 E35A Volta ao Lar 17/09/1997