A temporada estabelece o cenário da era Meiji, o juramento de Kenshin de não matar e sua nova vida em Tóquio, onde ele se envolve com Kaoru Kamiya, o dojo dela e outros aliados, como Sanosuke e Yahiko. A temporada mistura ação, desenvolvimento de personagens e alguns episódios de preenchimento (*filler*), ao mesmo tempo em que constrói o mundo da obra e introduz antagonistas tanto episódicos quanto recorrentes, como o líder da Oniwabanshū, Shinomori Aoshi.
Temporada 1 de Samurai X, com 27 episódios, estreou em 10/01/1996.
T1 E1Kenshin Battousai, o Espadachim Legendário 10/01/1996
T1 E2O Aluno Rebelde 17/01/1996
T1 E3O Homem que Deixou o Passado 24/01/1996
T1 E4O Lutador Sanosuke 31/01/1996
T1 E5Kenshin Contra Zanza 07/02/1996
T1 E6O Visitante que Veio das Trevas 14/02/1996
T1 E7A Grande Luta 21/02/1996
T1 E8A Mulher Misteriosa 28/02/1996
T1 E9Uma Gangue Poderosa 06/03/1996
T1 E10A Tentativa de Um Resgate 13/03/1996
T1 E11Uma Colisão Entre a Luz e as Trevas 24/04/1996
T1 E12O Nascimento de Um Espadachim 01/05/1996
T1 E13O Lutador de Sumô 08/05/1996
T1 E14A Médica Nova na Cidade 15/05/1996
T1 E15Os Retalhadores Legendários 22/05/1996
T1 E16A Hora da Verdade 05/06/1996
T1 E17Marimo, o Canhão Humano 12/06/1996
T1 E18A Luta de Yahiko 19/06/1996
T1 E19A Fantasia do Reino Proibido 26/06/1996
T1 E20A Volta do Estilo Shinko 10/07/1996
T1 E21A Ambição de Raijuta 21/07/1996
T1 E22A Viagem de Trem 31/07/1996
T1 E23Sanosuke Volta ao Passado 14/08/1996
T1 E24Kenshin Contra Sanosuke 21/08/1996
T1 E25O Navio Pirata 28/08/1996
T1 E26A Famosa Pirata Shura 04/09/1996
T1 E27O Fim dos Piratas 16/10/1996