Na segunda temporada, As Tartarugas Ninja saem dos esgotos subterrâneos para a superfície da cidade de Nova Iorque.
Temporada 2 de As Tartarugas Ninjas, com 26 episódios, estreou em 12/10/2013.
T2 E1A Situação Mutante 12/10/2013
T2 E2Sigam o Líder 19/10/2013
T2 E3Invasão dos Esquilanóides 02/11/2013
T2 E4Homem Mutagênico à Solta 09/11/2013
T2 E5Mikey com Acne 16/11/2013
T2 E6Alvo: April O' Neil 23/11/2013
T2 E7Cortar e Destruir 30/11/2013
T2 E8A Conspiração Kraang 02/02/2014
T2 E9O Bom, o mau e Casey Jones 09/02/2014
T2 E10Fungus Enormus 16/02/2014
T2 E11Cabeça de Metal Religado 23/02/2014
T2 E12Sobre Ratos e Homens 02/03/2014
T2 E13Minhocaos! - Parte 1 14/03/2014
T2 E14Minhocaos! - Parte 2 14/03/2014
T2 E15Labirintos e Mutantes 27/04/2014
T2 E16A Mutação Solitária de Baxter Stockman 04/05/2014
T2 E17Salamandarim 11/05/2014
T2 E18A Ira do Garra de Tigre 18/05/2014
T2 E19Cara de Pizza 08/06/2014
T2 E20A Lenda do Kuro Kabuto 15/06/2014
T2 E21Plano 10 22/06/2014
T2 E22A Vingança é Minha 29/06/2014
T2 E23Uma Forma de Fantasma em Chinatown 12/09/2014
T2 E24Na Dimensão X! 19/09/2014
T2 E25A Invasão - Parte 1 26/09/2014
T2 E26A Invasão - Parte 2 26/09/2014